Законодательство Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях основывается на соответствующих положениях Конституции Российской Федерации и состоит из базового Федерального закона, принимаемых в соответствии с ним других законов и иных нормативных правовых актов Российской Федерации, а также законов и иных нормативных правовых актов субъектов Российской Федерации.
Отношения, возникающие при пользовании землями, водными, лесными и иными природными ресурсами особо охраняемых природных территорий, регулируются соответствующим законодательством Российской Федерации и законодательством субъектов Российской Федерации.
Имущественные отношения в области использования и охраны особо охраняемых природных территорий, организации и функционирования государственных природных заповедников и других природоохранных учреждений регулируются гражданским законодательством, если иное не предусмотрено федеральным законом.
Государственное управление в области природопользования и охраны окружающей природной среды базируется на системе законодательных и иных правовых актов, регулирующих указанные отношения. Это более 30 федеральных законов и около 200 подзаконных актов (http://zapoved.ru/?act=docs).
На федеральном уровне основой нормативно-правовой базы по сохранению окружающей среды и биоразнообразия являются законы Российской Федерации «Об охране окружающей природной среды» (1992 г.), «Об особо охраняемых природных территориях» (1995 г.), «О животном мире» (1995 г.), Лесной кодекс Р.Ф. (1997 г.), а также целый ряд специальных постановлений правительства и ведомственных правовых актов, регулирующих взаимоотношения физических лиц и определяющих права и функции специально уполномоченных государственных органов в сфере природопользования.
На региональном уровне действуют соответствующие правовые акты и долговременные программы охраны природы и рационального использования природных ресурсов, в которых определена система экологических, хозяйственных и социальных целей для отдельных территорий.
Государственное управление и государственный контроль в области организации и функционирования особо охраняемых природных территорий федерального значения осуществляются Правительством Российской Федерации и специально уполномоченными на то государственными органами Российской Федерации в области охраны окружающей природной среды.
Государственное управление и государственный контроль в области организации и функционирования территорий государственных природных заказников, памятников природы, дендрологических парков и ботанических садов, лечебно-оздоровительных местностей и курортов регионального значения осуществляются органами государственной власти субъектов Российской Федерации и специально уполномоченными на то государственными органами Российской Федерации в области охраны окружающей природной среды.
Управление и контроль в области организации и функционирования особо охраняемых природных территорий местного значения осуществляются органами местного самоуправления.
Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации (http://www.mnr.gov.ru) осуществляет координацию и контроль деятельности находящихся в его ведении Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (http://control.mnr.gov.ru/), Федерального агентства по недропользованию (http://www.rosnedra.com/), Федерального агентства лесного хозяйства (http://les.mnr.gov.ru/) и Федерального агентства водных ресурсов (http://voda.mnr.gov.ru/). Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации. МПР Российской Федерации осуществляет свою деятельность во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями (http://www.primorsky.ru/admin/; http://www.adm.khv.ru/; http://www.wwf.ru/).
Государственные природные заповедники традиционно является высшей формой охраны природных территорий. Они имеют наиболее строгий правовой режим. Земля и её недра, воды, растительный и животный мир, находящиеся на территории заповедника, предоставлены в пользование (владение) заповеднику на правах, предусмотренных соответствующими Федеральными законами. Их изъятие или иное прекращение прав на них запрещается.
На территории заповедника запрещается любая деятельность, противоречащая задачам заповедника и режиму особой охраны его территории, в том числе:
- Действия, изменяющие гидрологический режим земель.
- Изыскательские работы и разработка полезных ископаемых, нарушение почвенного покрова, выход минералов, обнажений и горных пород.
- Рубки главного пользования, заготовка живицы, древесных соков, лекарственных растений и технического сырья, а также иные виды лесопользования.
- Сенокошение, пастьба скота, размещение ульев и пасек, сбор и заготовка дикорастущих плодов, ягод, грибов, орехов, семян, цветов и иные виды пользования растительным миром.
- Строительство и размещение промышленных и сельскохозяйственных предприятий и их отдельных объектов, строительство зданий и сооружений, дорог и путепроводов, линий электропередачи и прочих коммуникаций, за исключением необходимых для обеспечения деятельности заповедников
- Промысловая, спортивная и любительская охота, иные виды пользования животным миром, за исключением случаев предусмотренных для каждого заповедника в отдельности.
- Интродукция живых организмов в целях их акклиматизации, применение минеральных удобрений и химических средств защиты растений.
- Сплав леса.
- Транзитный прогон домашних животных.
- Нахождение, проход и проезд посторонних лиц и автотранспорта вне дорог и водных путей общего пользования.
- Сбор зоологических, ботанических и минералогических коллекций, кроме предусмотренных тематикой и планами научных исследований в заповеднике.
- Пролет вертолетов и самолётов ниже 2000 метров над заповедником без согласования с его администрацией, а также пролёт самолётов над заповедником со сверхзвуковой скоростью.
- Иная деятельность, нарушающая естественное развитие природных процессов, угрожающая состоянию природных комплексов и объектов, а также связанная с выполнением возложенных на заповедник задач.
На территории заповедника допускаются мероприятия и деятельность, направленные на:
- Сохранение в естественном состоянии природных комплексов, восстановление, а также предотвращение изменений природных комплексов и их компонентов в результате антропогенного воздействия.
- Поддержание условий, обеспечивающих санитарную и противопожарную безопасность людей, животных, природных комплексов и объектов.
- Предотвращение опасных природных явлений (снежных лавин, камнепадов, селей и других.), угрожающих жизни людей и населённым пунктам.
- Проведение научных исследований, включая экологический мониторинг.
- Ведение эколого-просветительской работы, организация экскурсионных экологических маршрутов, размещение музеев природы.
- Осуществление контрольных функций.
На территории заповедника выделяется зона, полностью закрытая для всякого воздействия. Нередко вдоль границ заповедников располагаются их охранные зоны, выполняющие буферную функцию за счет ограничений на определенные виды хозяйственной деятельности. Она ограничивается аншлагами.
Охранная зона учреждается с целью:
- Сокращения отрицательного воздействия хозяйственной деятельности на природные комплексы и объекты заповедника.
- Восстановления естественной плотности и улучшения условий существования редких и особо ценных видов животных и растений за счёт расширения их мест обитания и произрастания.
- Отвлечения избыточного поголовья животных, обитающих в заповеднике, путём проведения биотехнических мероприятий с целью дальнейшего распространения их в охотничьих угодьях, а также регулирования численности в охранной зоне путём отлова или отстрела.
- Проведения научных и научно-практических мероприятий, предусмотренных планами работ заповедника.
- Организации постоянного наблюдения за состоянием природных комплексов под влиянием хозяйственной деятельности и реакционного использования территории охранной зоны.
Кроме того, в каждом заповеднике существуют специально выделенные участки для частичного хозяйственного использования.
Охрана природных комплексов и объектов на территории заповедника осуществляется специальной государственной инспекцией по охране территории государственного природного заповедника, работники которой входят в штат заповедника.
В каждом заповеднике проводится научно-исследовательская деятельность. Она направлена на изучение природных комплексов и долговременное слежение за динамикой природных процессов с целью оценки, прогноза экологической обстановки, разработки научных основ охраны природы, сохранения биологического разнообразия биосферы, воспроизводства и рационального использования природных ресурсов.
На территориях государственных природных заказников и их отдельных участках постоянно или временно запрещается или ограничивается любая деятельность, если она противоречит целям создания государственных природных заказников или причиняет вред природным комплексам и их компонентам, в том числе:
- распашка земель;
- рубки главного пользования и другие виды рубок, заготовка живицы, сенокошение, пастьба скота, заготовка и сбор грибов, ягод, орехов, плодов, семян, лекарственных и иных растений, другие виды пользования растительным миром;
- промысловая, спортивная и любительская охота, рыболовство, добывание животных, не отнесенных к объектам охоты и рыболовства, другие виды пользования животным миром;
- сбор зоологических, ботанических и минералогических коллекций, а также палеонтологических объектов;
- предоставление земельных участков под застройку, а также для коллективного садоводства и огородничества;
- проведение гидромелиоративных и ирригационных работ, геологоразведочные изыскания и разработка полезных ископаемых;
- строительство зданий и сооружений, дорог и трубопроводов, линий электропередачи и прочих коммуникаций;
- применение ядохимикатов, минеральных удобрений, химических средств защиты растений и стимуляторов роста;
- сплав леса;
-взрывные работы;
- проезд и стоянка автомототранспорта, судов и иных плавучих транспортных средств, устройство привалов, бивуаков, туристических стоянок и лагерей, иные формы отдыха населения;
- любые иные виды хозяйственной деятельности, рекреационного и другого природопользования, препятствующего сохранению, восстановлению и воспроизводству природных комплексов и их компонентов.
Для нормального функционирования существующих природных заказников краевого значения, сохранения природных комплексов и объектов, редких видов растений и животных, объектов особой охраны проводятся следующие природоохранные мероприятия:
- регулярные природоохранные рейды с целью обеспечения установленного режима охраны территории и пресечения браконьерства;
- мероприятия по благоустройству территории;
- мероприятия по снижению антропогенной нагрузки на территорию: организация регламентированной рекреации;
- биотехнические мероприятия по сохранению животных;
мероприятия по сохранению редких видов животных и растений на основании рекомендации специалистов;
- мероприятия по учету численности диких животных; 
- мероприятия по охране среды обитания и путей миграции диких животных, а также редких и находящиеся под угрозой исчезновения видов;
- противопожарные мероприятия;
- выполнение лесокультурных мероприятий;
- осуществление своей деятельности во взаимодействии с федеральными органами государственного экологического контроля, иными федеральными органами, органами местного самоуправления, общественными организациями;
- пропаганда охраны природы;
Территории заказников постоянно используются как полигон для научно-исследовательских работ сотрудниками различных учреждений и самых различных профилей. В Приморском крае такими работами в основном заняты 4 научно-исследовательских организации, их базы или станции. Среди них: Биолого-почвенный институт ДВО РАН (природный биологический заказник «Борисовское Плато»), Морская биологическая станция «Восток» Института биологии моря ДВО РАН (комплексный морской заказник «Залив Восток»), Приморская Государственная Сельскохозяйственная Академия (природные биологические заказники «Борисовское Плато», «Полтавский»), Уссурийский Государственный Педагогический Институт (комплексный морской заказник «Залив Восток», природный биологический заказник Борисовское Плато). Накопленный научный потенциал позволяет использовать имеющуюся информацию при проектировании и инвентаризации территорий, устанавливать необходимые режимы охраны.
На территориях природных парков устанавливаются различные режимы особой охраны и использования в зависимости от экологической и рекреационной ценности природных участков. Исходя из этого, на территориях природных парков могут быть выделены природоохранные, рекреационные, агрохозяйственные и иные функциональные зоны, включая зоны охраны историко-культурных комплексов и объектов.
- На территориях природных парков запрещается деятельность, влекущая за собой изменение исторически сложившегося природного ландшафта, снижение или уничтожение экологических, эстетических и рекреационных качеств природных парков, нарушение режима содержания памятников истории и культуры.
- В границах природных парков могут быть запрещены или ограничены виды деятельности, влекущие за собой снижение экологической, эстетической, культурной и рекреационной ценности их территорий.
- С природными парками согласовываются вопросы социально-экономической деятельности юридических лиц, расположенных на территориях природных парков и их охранных зон, а также проекты развития населенных пунктов.
В 2000 г. Департамент охраны окружающей среды и экологической безопасности Министерство природных ресурсов Российской Федерации утвердил «Основные направления развития и организации деятельности государственных природных заповедников Российской Федерации на период до 2010 года» (http://zapoved.ru/?act=pressa_more&id=8). В перечне этих направлений в документе в частности сформулированы конкретные требования по их организации и развитию:
- Охраны природных комплексов и объектов.
- Научно-исследовательской деятельности.
- Эколого-просветительской деятельности и работы с населением.
- Эколого-экскурсионной деятельности и развитию познавательного туризма.
- Перспективному планированию.
- Интеграции заповедников в социально-экономическую сферу регионов.