Японское море располагается в двух климатических зонах: субтропической и умеренной. В пределах этих зон выделяются два сектора с отличающимися климатическими и гидрологическими условиями: суровый холодный северный, прилегающий к приморскому побережью и мягкий, теплый, прилегающий к Японии и берегам Кореи. Основным фактором, формирующим климат моря, является муссонная циркуляция атмосферы.

Главными барическими образованиями, определяющими атмосферную циркуляцию над Японским морем, являются Азиатский центр действия атмосферы, расположенный над материком, Тихоокеанский субтропический максимум и Алеутская депрессия. Изменения их положения в течение года обусловливает муссонный характер климата.

В распределении атмосферного давления над Японским морем наблюдаются следующие особенности. С запада на восток давление понижается, а с севера на юг - повышается. Присутствует рост избытка величин зимнего давления, над летним в направлении с северо-востока на юго-запад, а также резко выраженная сезонная изменчивость. В годовом ходе давления для большей части моря характерно существование максимума давления зимой и минимума летом. В северо-восточной же части моря - у северной половины о. Хонсю, о. Хоккайдо и у южного берега Сахалина имеют место два максимума давления: первый - в феврале и второй - в октябре, при минимуме - летом. Амплитуды годового хода давления, как правило, убывают с юга на север. Вдоль материкового побережья амплитуда уменьшается от 15 мб на юге - до 6 мб на севере, а вдоль берегов Японии - от 12 до 6 мб соответственно. Абсолютная амплитуда колебаний давления во Владивостоке составляет 65 мб, а на о. Хоккайдо - 89 мб. К юго-востоку, в центральной и южной частях Японии, она увеличивается до 100 мб. Главной причиной возрастания амплитуд колебаний давления в юго-восточном направлении является прохождение глубоких циклонов и тайфунов.

Регион лежит на основных путях циклонов, которые пересекают его в генеральном направлении с запада на восток. Циклоны средних широт движутся с азиатского материка по различным траекториям: с Якутии, Байкала, Монголии и Китая. В зависимости от траекторий циклонов и сезонов года на акваторию прибрежной части поступают теплые или холодные, влажные или сухие воздушные массы. Глубина циклонов и, соответственно, скорость ветра зависят в большей степени от сезона. Зимой на регион часто выходят глубокие циклоны с большими градиентами и скоростями ветра, осенью интенсивность циклонов несколько меньше чем зимой. Весной глубина циклонов резко падает и, соответственно, уменьшается интенсивность, летом процессы вялые, циклоны часто оконтурены одной изобарой, ветры слабые.

В соответствии с муссоном в холодное время года сибирский антициклон обусловливает преобладание ясной морозной погоды. С приходом очередного циклона наблюдаются осадки и штормовые ветры. С отходом циклона на восток и прохождением холодного фронта осадки прекращаются, температура падает, а штормовые ветры в тылу циклона сохраняются еще длительное время. Это так называемое "охотское вторжение", при котором холодные массы воздуха с Охотского моря, пройдя над материком и еще охладившись, поступают на приморское побережье.

В теплое время года преобладает маловетрие, часто наблюдаются туманы и морось, сильные ветры редки и обычно связаны с тайфунами, которые посещают данный район. Они приходят в среднем многолетнем раз в год с юга и уходят чаще всего на север и северо-восток. Обычно они наблюдаются в июле-ноябре. Тайфуны несут с собой очень теплые воздушные массы, значительные осадки, штормовые и ураганные ветры.

Все это характерно для региона в целом, тем не менее, в отдельных его частях наблюдаются локальные климатические особенности, т.к. орография местности оказывает влияние на его гидрометеорологический режим. По этой причине акваторию можно поделить на три части. Особняком стоит залив Петра Великого, где климат более континентальный, чем в других частях. Горные хребты в ЗПВ создают эффект аэродинамической трубы. Поэтому в холодное время года здесь преобладают ветры северных румбов, а в теплое время - южных. По этой же причине при малоградиентом барическом поле над всем морем в ЗПВ могут наблюдаться штормовые ветры юго-восточного (рисунок 5) или северо-западного направлений (рисунок 6). К северу от него побережье делится на два района: от мыса Поворотного до мыса Золотого, и от мыса Золотого до пролива Невельского. В целом горные хребты делают климат у побережья более суровым за счет стока холодных воздушных масс. В южной половине побережья климат более мягкий, менее континентальный. Здесь в холодный период преобладают северные и северо-западные ветры. В северной половине - климат более суровый и преобладающими являются ветры северного и северо-восточного направлений.